お世話になります。研究者ではないので経験や体験、感覚、食味からのお返事となる事をご理解ください。
まず産卵の際、殻表面にはクチクラ層、言うならば保護膜がありそれらが細菌感染や鮮度維持をしていると考えております。卵の殻には無数の穴があります。これから推察するにスーパーの卵は洗卵機で洗われるが故、細菌侵入のリスクや数日経つだけで炭酸ガスによる卵独特の臭みや水分侵入による濃厚さが消えプックリ差が無くなった見た目へと変わると考えております。あと自然飼いは殻が厚く固いのでこれらも内部に不衛生をもたらす事案が少ない物と考えています。
ファーム意見ではなく、私的には採卵して常温(20度)室内キッチンで2週間くらい経った卵の方が卵独特の風味があって私は好きです…が、食品衛生管理の観点から10℃以下要冷蔵2週間以内に食して下さいと安全推奨となっています。高音になればなるほどサルモネラ(細菌)は増えやすいのでそこからも来ていると思っています。確証ない経験だけのご意見ですみません。