ジャガイモの植え付け作業のため返信が遅れて申し訳ありません。
ご質問ありがとうございます。写真などで確認してみないことには正確にお答えすることは難しいですが、可能性として一番高いのは維管束ではないかと思います。
維管束は水分や栄養が流れる管です。昨年の北海道は記録的な干ばつだったため、ジャガイモの肥大期に水不足があると維管束が茶色くなる場合があります。これは生理障害の一つで食べても問題はなく、腐敗が早いなどもありません。そして切ってみるまで全くわからないため、選別することが不可能なこともあり申し訳ありませんがご了承ください。
どうぞ引き続きよろしくお願いいたします。